有個存在于但是不限于晶體學(xué)的問題：遇到問題，優(yōu)先級不是想著怎么理解，怎么解決，而是想著怎么掩蓋，讓別人看不到，或者忽略。

近期聽到一個有意思的詞，“離群衍射點"，指的是精修時發(fā)現(xiàn)的（Fo vs Fc）誤差值過大的衍射點，or Most Disagreeable Reflections。雖然聽到時是個烏龍，被當成了Q峰。當然這是常見的概念上的混亂和張冠李戴，這個就不吐槽了，太費神。但是“離群" 就“刪掉"了之了么？

聊聊OMIT

既然說到了這個事情，那就得聊聊OMIT這個事情。如同Squeeze的濫用，為了獲得比較好看的一些指標，OMIT也在被濫用的狀態(tài)。經(jīng)?？吹矫髅餮苌涑玫臄?shù)據(jù)，可是卻被一個不知道誰教的死板指令 “OMIT -3 50" 活生生的砍在了一個固定的分辨率。細究起來，你會發(fā)現(xiàn)，很多學(xué)生根本不知道這個指令是啥意思，只知道說：這樣可以提高完整度，降低R1值。 What？為了提高完整度刪除數(shù)據(jù)？這是個啼笑皆非的事情。繼續(xù)再問，你會發(fā)現(xiàn)甚至很少有學(xué)生知道 這里的-3 是什么意思?；蛘呤鞘褂靡婚L串匪夷所思的OMIT h k l。據(jù)說不只是為了去掉所謂 Error/esd 大于10的衍射點，而是為了讓R factor降低到自己或者審稿人結(jié)構(gòu)滿意的水平。然而對于應(yīng)該關(guān)注的結(jié)構(gòu)本身，卻不加什么改進。忽略了，看不見，就當作沒有問題。這時候我會覺得粉末的Rietveld結(jié)構(gòu)精修反而不會有那么多讓你“假"的機會。單晶結(jié)構(gòu)精修的毛病之一就是從數(shù)據(jù)處理到結(jié)構(gòu)精修給你機會，讓你選擇性的忽略。

OMIT的使用

撇開這些“原則"性的問題，OMIT的使用，在上其實可以看到三種不同的語法。

OMIT atomnames 創(chuàng)建 omit map 獲取原子無序的清晰電子云圖譜。

OMIT s[-2] 2θ(lim)[180]  限定忽略2θ的范圍（分辨率），以及信噪比很低的衍射點的處理方式（s的設(shè)定）。無特定理由，不推薦隨便忽略有效的高分辨率數(shù)據(jù)。

OMIT h k l 忽略特定的衍射點。Beam stop陰影影響的衍射點，或者強度偏差較大的衍射點。但不應(yīng)濫用。

分辨率和完整度的問題之前已經(jīng)討論過很多次，所謂用OMIT提高完整度是沒必要而且相當扯的事情。
正確求解的打開方式

而忽略的特定的衍射點則更需要細究很多事情。忽略Fo和Fc偏差很大的衍射點，為什么一定是Fo出了問題呢？

很多時候這是結(jié)構(gòu)模型搭建的有問題，導(dǎo)致Fc的計算出現(xiàn)了偏差。所以在沒有搭建好合理的模型之前，就不要去質(zhì)疑數(shù)據(jù)本身存在問題。如果結(jié)構(gòu)模型沒有問題了，依然出現(xiàn)了大量的偏差很大的衍射點。比如Fo >> Fc，伴隨的問題肯定是R1降不到數(shù)據(jù)看起來應(yīng)該有的水平，那大概率這是孿晶的問題，這個時候不去處理孿晶，反而用OMIT去忽略衍射點就是找錯了病因，或者根本沒找病因，亂開藥的形式了。如同看到大的Q峰就說是無序，就做squeeze，就說是孿晶導(dǎo)致的… 都是不負責(zé)任的回答。如果沒有孿晶，結(jié)構(gòu)模型也沒有問題，有些低角度的衍射點強度偏差很大，這時候我們才考慮的是這些衍射點受到了Beamstop的影響。然而這也不是無誤的。你給一個所謂的“離群"衍射點推定了有罪，就需要有相應(yīng)的證據(jù)。所有的衍射數(shù)據(jù)都在衍射圖中，我相信沒幾個人會消滅衍射圖上的證據(jù)，即便你會數(shù)據(jù)造假。比如這個數(shù)據(jù)，在lst 文件中的Most Disagreeable Reflections中可以看到兩個特別離譜的衍射點，F(xiàn)o^2 遠遠小于 Fc^2，接近于0。

找特定的衍射點的原始數(shù)據(jù)是個Easy的事情，回到APEX5-> Examine Data-> Find a reflection ，去查看這些衍射點究竟發(fā)生了什么。

我們可以清楚的看到一些衍射點恰好位于Beamstop的后面。看起來使用omit指令是合情合理的。但這還沒有結(jié)束。仔細去看 1 1 2 等效衍射點的分布，我們會發(fā)現(xiàn)，有些衍射點距離陰影很遠，有些則被陰影覆蓋。

等效衍射點具有相同的d值，出現(xiàn)在相同的2θ角。這樣的結(jié)果，只有一個原因，Beamstop陰影并不是以光路中心為圓心的圓，而是偏向了一邊。打開分辨率環(huán)就可以明顯看到這個問題的根本原因：Beamstop并沒有在中心位置。

所以Beamstop這才是根本的原因，簡單將Beamstop調(diào)整歸位就可以解決這樣的問題。任何衍射點都有它存在的意義，尤其這些強衍射點對電子云圖的計算貢獻更大。所以就算是給一個衍射點判失誤，也要給它足夠的“罪證"。實驗本身是為了發(fā)現(xiàn)未知，而未知會體現(xiàn)在很多反常的現(xiàn)象里。眼不見心不煩，亦或是偷偷用假的方式去美顏，去修改，去掩蓋，都不應(yīng)該是一些軟件設(shè)計者的初衷，亦或是使用者偷懶的手段。

科學(xué)并不是為了迎合誰。

PS: 當然我也知道講了再多，也很少人會去仔細的去找證據(jù)。也許大家內(nèi)卷的都太忙了吧.. 不過有時間了，琢磨琢磨，會打翻自己潛意識里已經(jīng)認定的很多認識。很多事情，并沒有保證的對錯而言。

-轉(zhuǎn)載于《布魯克X射線部門》公眾號